Considerat un sportmen de l’època, practicà diversos esports i destacà en ciclisme, rugbi, natació, atletisme i, sobretot, futbol. Abans d’arribar a Barcelona a final del segle XIX, passà per Zuric, Basilea i Lió. Debutà a Zuric com a ciclista a 12 anys; practicà també el rugbi, l’atletisme i, sobretot, el futbol, amb el FC Excelsior, del qual se separà i fundà el FC Zuric. Comerciant d’ofici, el 1899 passà a residir a Barcelona.
Amb un grup d’amics començà a practicar el futbol al barri de Sant Gervasi i tingué la idea de crear un club, a l’estil dels que ja hi havia a França i a Suïssa. Efectuà una crida per mitjà d’una gasetilla publicada a Los Deportes i el 29 de novembre de 1899 es constituí el Foot-ball Club Barcelona en una reunió celebrada al local del Gimnàs Solé. No volgué ser-ne el primer president, se centrà a jugar, i fou el jugador més destacat del futbol català dels primers anys, actuant de davanter centre. Entre el 1899 i el 1903, any que es retirà, marcà 118 gols en 48 partits. Després continuà sent l’ànima del club, del qual fou president en cinc etapes, la primera a partir del 2 de desembre de 1908, quan l’entitat estava a punt de desaparèixer a causa d’una gran crisi. Rellançà el club i inaugurà el camp del carrer de la Indústria. Fou president fins el 14 d’octubre de 1909. La seva segona etapa abraçà des del 17 de novembre de 1910 fins al 30 de juny de 1913. Aquí lluità contra el professionalisme que estava creixent i determinà que el club es retirés de la federació catalana durant un període. En el tercer mandat, del 17 de juny de 1917 al 19 de juny de 1919, ingressaren en el club dues figures mítiques com foren Samitier i Zamora. En el quart, del 17 de juliol de 1921 al 29 de juny de 1923, inaugurà el camp de les Corts, consolidà l’economia i encetà l’anomenada edat d’or amb grans èxits esportius. En aquest període, Gamper fou objecte d’un partit d’homenatge celebrat al camp de les Corts el 25 de febrer de 1923, que enfrontà el Barça i una selecció catalana. L’última etapa, de l’1 de juny de 1924 al 17 de desembre de 1925, fou marcada per la celebració de les noces d’argent del club i per la clausura del camp de les Corts per Milans del Bosch durant la Dictadura de Primo de Rivera, després que el públic xiulés l’himne espanyol, en un homenatge a l’Orfeó Català. Gamper hagué de deixar la presidència i fou comminat a exiliar-se acusat de fomentar el catalanisme.
En total ocupà nou anys la presidència i sota el seu mandat el Barça es proclamà quatre vegades campió de la Copa d’Espanya, sis del Campionat de Catalunya i tres de la Copa Pirineus. En l’etapa de jugador guanyà una Copa Macaya (1902) i una Copa Barcelona (1903). També disputà la final del primer Campionat d’Espanya (1902) que el Barça perdé amb el Biscaia. Influí decisivament sobre la creació de la Federació Espanyola de Futbol (1909). Després d’exiliar-se a Suïssa, pogué retornar a Barcelona amb la condició de no tenir cap vincle amb el club.
En record seu hi ha un bust a la llotja presidencial del Camp Nou. Al desembre del 1933 l’Ajuntament de Barcelona li dedicà un carrer i l’any 1966 el club instaurà un torneig estiuenc anomenat Trofeu Joan Gamper. Igualment, l’1 de juny de 2006 el club inaugurà oficialment la nova ciutat esportiva que porta el seu nom. S’han publicat algunes biografies com Joan Gamper i una vida entregada al FC Barcelona (2001), d’Agustí Rodes, i De Hans Gamper a Joan Gamper: una biografia emocional (2008), de la seva neta Emma Gamper.