Es casà a Sevilla (1526) amb el seu cosí germà l’emperador Carles V, rei de Catalunya-Aragó i de Castella. Durant les absències del seu marit exercí la governació dels regnes (1529, 1530-34 i 1535-38). Morí de sobrepart, i fou soterrada de primer a Granada, en presència de Francesc de Borja i d'Aragó, duc de Gandia, i després a El Escorial.