El 1640 una junta de nobles reunida a Lisboa li oferí el tron del país, i Joan IV dirigí la insurrecció portuguesa contra la dominació castellana. La col·laboració de la seva muller, Maria Lluïsa de Guzmán, i l’habilitat política dels seus secretaris Pinto Ribeiro i Francisco de Lucena, permeteren d’atreure's a la seva causa Anglaterra i França. El 1644 derrotà els castellans a Montijo, prop de Badajoz. Féu d’intermediari entre Catalunya i França. Les colònies portugueses el reconegueren com a rei, i, malgrat les successives conjuracions nobiliàries (1641-46 i 1653) per enderrocar-lo, consolidà el seu poder. Dugué a terme nombroses reformes interiors.