Filla d’Enric IV de Castella i de Joana de Portugal, el partit nobiliari la considerà filla de Beltrán de la Cueva (d’on li ve el sobrenom), i el seu pare la declarà il·legítima (1468). Posteriorment (1470), però, la declarà legítima i hereva. En morir ell, Joana es casà amb Alfons V de Portugal (1474), i s’encetà la guerra civil de Castella entre els seus partidaris i els d’Isabel. Derrotat Alfons V (1476), aquest cedí, i Joana fou reclosa en un monestir de Coïmbra.