Es formà al seminari conciliar de Barcelona, on estudià humanitats, filosofia, teologia i música, i el 1949 fou ordenat sacerdot. Amb una beca, viatjà a Roma per cursar estudis superiors de música i ciències musicals a l’Institut Pontifici de Música Sacra, amb Higini Anglès, i s’hi doctorà el 1968 amb una dissertació sobre el ressorgiment musical a la capella papal amb el pontífex Pau III (1534-49).
Formà part de diferents institucions, tant docents com de dedicades a la investigació. Cal esmentar-ne l’Escola Espanyola d’Història i Arqueologia a Roma, de la qual fou membre (1951-55); la Biblioteca del Vaticà, on dirigí el fons musical (1953-55); l’Institut Espanyol de Musicologia, del qual fou successivament secretari, president i finalment director (1982-88); la Biblioteca de Catalunya, en qualitat de conservador del departament de música (1958-70), i el Conservatori de Música del Liceu, on fou director adjunt (1968-83).
En la seva activitat com a investigador es dedicà a l’estudi de la música medieval, amb una tasca d’edició i catalogació d’arxius. També estudià la música del Renaixement i, en aquest sentit, cal destacar l’edició de l’obra de Francisco Guerrero i la continuació de l’edició de l’obra de Cristóbal de Morales, que Higini Anglès havia iniciat. En el camp de la música per a tecla són notables els estudis bibliogràfics sobre Joan Baptista Cabanilles (Joan Baptista Cabanilles. Músico valenciano universal, 1981) i l’edició de l’obra completa de Josep Elies. Participà en nombrosos programes d’investigació, conferències i seminaris, i col·laborà en publicacions i diccionaris d’àmbit internacional. En total escriví uns vint-i-cinc llibres i més d’un centenar d’articles d’investigació musicològica. Entre les seves publicacions destaquen Isaac Albéniz a través de unas cartas inéditas (1958), Capellae Sixtinae codices musicis... (1960), traduït a l’anglès (1968), La música en la corte de los Reyes Católicos (1967), Extensión y profundidad de la obra musicológica de Felipe Pedrell (1972) i La música española en la segunda mitad del siglo XVI. Polifonía, música instrumental, tratadistas (1985). Conjuntament amb Francisco Guerrero i Karl H. Muller-Lancé és autor dels volums 3 (1978), 4 (1982), 5 (1986), 6 (1987), 7 (1991), 8 (1996) i 9 (1997) d’Opera omnia, publicada pel CSIC. El gener del 2001 fou nomenat doctor honoris causa per l’Institut Pontifici de Música Sacra de Roma.