El 1575 servia a Itàlia, en la flota de Joan d’Àustria, i prengué, el 1580, el comandament de la galera “Lupiana”, heretada del seu besoncle Tomàs de Llupià. Prengué una part brillant en les guerres de Felip II de Castella contra Portugal i França. El 1589, nomenat procurador reial de Rosselló i Cerdanya, cedí la seva galera a la corona. El 1606, Felip III de Castella li conferí la senyoria de Conat (Conflent) i diverses rendes a Prats de Molló i a Perpinyà. En conflicte amb el bisbe d’Elna, Francesc Robuster, a propòsit de les immunitats eclesiàstiques, fou excomunicat per aquest el 1593. Es casà, el 1613, dispensat pel papa Pau V, amb la seva neboda Francesca de Ballaró i de Llupià, filla de la seva germana Àngela. El 1615-16 exercí, interinament, el càrrec de governador dels comtats de Rosselló i Cerdanya, fent mostra de molt desinterès. Felip III de Castella el nomenà, el 1621, lloctinent general de Rosselló, Cerdanya i Empordà i castellà del castell major de Perpinyà, per a la reparació del qual esmerçà, dels seus diners, més de 6 000 escuts. La seva vídua es casà, el 1625, amb el seu cosí germà, anomenat també Gabriel de Llupià, fill de Joan de Llupià i de Saragossa, que el succeí com a procurador reial.