El 1961 es casà a Madrid amb Juan Domingo Perón. El 1973 aquest recuperà la presidència de la república i María Estela esdevingué vicepresidenta (1973-74). En morir Perón, pel juliol del 1974, es convertí en presidenta i romangué en el càrrec fins al març del 1976, que es produí un cop d’estat militar. Empresonada, primer, i confinada, després, s’exilià a Espanya el 1981. Amb la tornada de la democràcia a l’Argentina, mantingué la presidència peronista fins el 1985.