La seu de Moscou, metropolitana des del 1448 i autocèfala des del metropolita Teodosi (1461-65), fou erigida en patriarcat el 1589, pel patriarca de Constantinoble Jeremies, en la persona del metropolita Job, culminació del procés que portà a la formulació, al segle XVI, per part de Filoteu de Pskov, de la concepció de Moscou com a tercera Roma (la primera, la dels papes, havia caigut a causa de les heretgies; la segona, Constantinoble, a causa de la unió amb Roma en el concili de Florència). Mort el patriarca Adrià (1690-1700), contrari a les reformes de Pere el Gran, aquest impedí l’elecció d’un nou patriarca i nomenà un vicari patriarcal, que regí el patriarcat fins el 1721. En 1721-1917, l’Església russa fou regida pel Sant Sínode, col·legi de bisbes i de preveres nomenats pel tsar. Aquesta institució, reconeguda pels patriarques orientals (1723), exercia el poder suprem legislatiu, administratiu i judicial. El 15 d’agost de 1917 un concili panrús reunit a Moscou restaurà el patriarcat, i el 15 de novembre fou elegit el patriarca Tikhon. Els bolxevics, al poder, decretaren (gener del 1918) la separació de l’Església i l’Estat. Tikhon fou empresonat (1922) i, alliberat (1923), reconegué oficialment l’autoritat del govern soviètic. Poc abans, el 1922 es formà una Església russa a l’exili que en un principi s’instal·là a Belgrad i posteriorment als EUA.A la mort de Tikhon (1925), la seu fou governada per vicaris patriarcals i l’Església passà un llarg període de dificultats i de persecució per part del govern. El 1943, el govern, agraït per l’actitud del vicari patriarcal Sergi durant la invasió alemanya, autoritzà la seva elecció patriarcal. Mort Sergi (1944), el succeí Aleix (1945). El patriarcat de Moscou, ja en vida d’Aleix i després, amb el seu successor, Pimen (1971), s’obrí als contactes ecumènics participant en el Consell Mundial de les Esglésies i enviant observadors al concili II del Vaticà. Mort Pimen (1990), el qual destacà com a un dels pioners ortodoxos de l’ecumenisme, el succeí Alexis II, fins aleshores metropolita de Leningrad i Novgorod, el qual veié dificultades les seves relacions amb Roma per la situació creada als països de l’est europeu després de la caiguda del marxisme, en augmentar la suspicàcia de molts dirigents eclesiàstics ortodoxos davant el que consideraven proselitisme catòlic. A l’interior del patriarcat Alexis hagué d’enfrontar-se amb el metropolita Filaret de Kíev, el qual intentava de crear a Ucraïna una Església autocèfala, fins que el 1992 un sínode reunit a Kharkiv el destituí i nomenà per ocupar la seu de Kíev el metropolita Vladimir de Rostov (el 1997 el Sínode de l’Església russa excomunicà Filaret). Després de la caiguda del comunisme, la jerarquia ortodoxa russa, regida després d’Alexis II per Ciril (des del 2009), ha mantingut excel·lents relacions amb el govern rus, especialment a partir de l’accés al poder de Vladimir Putin (2000). El 1993 hom obrí a Moscou la Universitat Ortodoxa, amb la intenció d’impulsar els estudis teològics. (1997). D’altra banda, les relacions del patriarcat de Moscou amb el de Constantinoble es deterioraren profundament quan Bartomeu I, patriarca de Constantinoble avalà el secessionisme de l’Església ortodoxa d’Estònia respecte a l’Església russa. Simultàniament, la pràctica de Joan Pau II de limitar els contactes ecumènics amb l’Ortodòxia al patriarcat de Constantinoble refredà les relacions amb el de Moscou. Per a contrarestar aquesta tendència i esdevenir el primer referent en el lideratge de l’Església ortodoxa, el patriarcat de Moscou coordinà nombroses iniciatives internacionals, entre les quals l’organització de la II Assemblea Ecumènica Europea a Graz (1997), la coorganització del Comitè Rus de les celebracions del Mil·lenni i l’organització del Fòrum Interreligiós per la Pau (2000), impulsà l’obra monumental Enciclopèdia ortodoxa. El patriarcat també s’oferí com a mediador en els conflictes dels Balcans, les confrontacions entre armenis i àzeris, les hostilitats de Moldàvia o al nord del Caucas i a la guerra de l’Iraq. El 2007 l’Església russa a l’exili es reunificà amb l’Església russa sota el patriarcat de Moscou.