Fou organista de les catedrals d’Estrasburg i Salzburg i mestre de capella de la de Passau. És autor d’obres per a instruments de teclat, d’una gran originalitat, com la col·lecció de sonates Armonico tributo. El seu fill, Gottlieb Muffat (Passau 1690 — Viena 1770), fou organista de cambra de l’emperador Carles VI d’Àustria. Deixà fugues, tocates, etc.