Neix sota el pla de la Muga (1 186 m d’altitud), a migjorn del Montnegre (1 425 m), al límit entre el Vallespir i l’Alt Empordà, i des dels hostals de la Muga (a banda i banda de riu) constitueix durant uns 5,5 km el límit fronterer francoespanyol. Rep principalment les aigües de la zona axial dels Pirineus (roc de Frausa, serra de l’Albera), travessa per profundes valls els sediments subpirinencs, bastant tectonitzats, i surt per Pont de Molins a l’ampla plana de l’Alt Empordà. Prop de Boadella, en un engorjat epigènic, ha estat embassat (pantà de Boadella). Prop de Peralada rep el Llobregat d’Empordà, més cabalós que ell mateix, i després de Vilanova de la Muga, el Manol. Desemboca al golf de Roses, després de 65 km de curs. Els aterraments n'han destruït l’antic estuari (estany de Castelló) i el grau medieval, dit el grau de la Muga , al nord de l’actual desembocadura de la Mugueta, antic braç del riu. El seu cabal és estimat en uns 8 m 3 /s, bàsicament d’origen pluvial. A l’octubre del 1940 provocà una terrible inundació a la plana empordanesa.
Desembocadura de la Muga, a Empuriabrava
© Fototeca.cat