Enviat per Luter a predicar (1520), aviat entrà en polèmica amb aquest per l’elaboració d’una doctrina pròpia i d’una litúrgia alemanya. Amb el Manifest de Praga (1521) intentà de guanyar-se els germans bohemis i, a Allstedt (Saxònia), agrupà ciutadans, camperols i altres gents inquietes amb la idea de restablir un cristianisme comunista, segons el model de la comunitat primitiva, que s’enfrontés amb el domini dels senyors impius.
El 1524 Luter previngué els prínceps protestants contra Müntzer, alhora que aquest s’uní amb els anabaptistes i els camperols revoltats (guerra dels Camperols). Derrotats aquests per una coalició de catòlics i protestants, fou empresonat i decapitat. Prototip de revolucionari, ha estat objecte de vives polèmiques i ha inspirat diverses obres literàries.