Nascut arran d’una entesa entre el bisbat i la diputació de Girona, fou inaugurat el 1979. Reuneix les col·leccions medievals i modernes procedents de l’antic Museu Provincial, imatges romàniques, retaules gòtics i renaixentistes, lipsanoteques, llibres miniats i altres objectes de les col·leccions diocesanes, i obres d’art contemporànies provinents de concursos i mostres.