Amb la normativa de Museus del 1990 de la Generalitat de Catalunya, el museu fou reintegrat al Museu Nacional d’Art de Catalunya, bé que mantenint l’emplaçament i l’autonomia. És format per una col·lecció extensa i força completa de la pintura i l’escultura catalanes dels s. XIX i XX, des dels neoclàssics, com Flaugier i Mayol, fins als contemporanis consagrats, com Gargallo, González, Miró, Dalí i A. Tàpies. Destaquen les col·leccions de pintura realista, amb obres de Martí i Alsina, Vayreda i l’escola d’Olot, Urgell, Simó Gómez, Gimeno, Graner, Baixeras, Roig i Soler, Meifrèn i l’escola de Sitges; Fortuny i els fortunyistes; el Modernisme i el postmodernisme (Casas, Rusiñol, els germans Llimona, Clarasó, Nonell, Mir, Pidelaserra, Raurich, Canals, Anglada i Camarasa, etc); i el Noucentisme i les seves derivacions (Sunyer, Nogués, Torres-Garcia, Clarà, Casanovas, Manolo Hugué, etc). Les instal·lacions es completen amb departaments independents dedicats al dibuix, al gravat i al cartell. L’1 de febrer de 2004 tancà les portes de la seva seu del palau del parc de la Ciutadella de Barcelona, on havia d’anar cedint espai al Parlament de Catalunya. Les col·leccions es traslladaren al Palau Nacional de Montjuïc i s’integrà definitivament en el Museu Nacional d’Art de Catalunya (MNAC).