Durant el Neogen la configuració de les mars i els continents, així com la distribució de les muntanyes, s’aproximà a l’actual. El clima anà refredant-se progressivament, la qual cosa determinà nombroses migracions en les faunes continentals i la progressiva desaparició de la flora tropical d’Europa. Tingué lloc una important regressió marina, que provocà la desaparició de l’estret de Bering, per la qual cosa Euràsia restà unida a l’Amèrica del Nord. També probablement l’estret de Gibraltar es convertí en istme. Durant el primer període del Neogen la comunicació entre les dues Amèriques fou difícil, però posteriorment, durant el segon període, restaren ja permanentment unides.