Les valls de Núria són esmentades ja el 1087, any en què Guillem de Cerdanya autoritzà el monestir de Ripoll a pasturar-hi el bestiar. El santuari té l’origen en la marededéu trobada a les Valls de Núria, i està relacionada amb Sant Gil, el qual té també llocs de devoció i de culte a l’indret. El 1162 hi havia un hospital, per a refugi de vianants i pastors, amb la capella, dedicada a Santa Maria. Als segles XIII i XIV un prevere i un o més donats tenien cura de l’hospital i de la capella; s’hi havia fundat una confraria que rebé indulgències papals el 1162, el 1338 i el 1638.
L’hospital i la confraria posseïen béns territorials a la Cerdanya i al Ripollès. El terratrèmol del 1428 destruí la capella i l’hospici, que fou refet el 1449 per un privilegi de la reina Maria, i el 1460 pels veïns i pel rector de Queralbs, que des d’aleshores tingueren cura del santuari. La primera capella de Sant Gil, basada en la tradició, fou bastida el 1615.
© Fototeca.cat
El santuari fou reconstruït en 1640-48, i hi fou afegit un cambril el 1728. Contribuí a la seva popularitat l’obra de Francesc Marès Història i miracles de la sagrada imatge de Nostra Senyora de Núria, escrita poc abans del 1666 i reimpresa moltes vegades fins a la fi del segle XIX, model en el seu gènere i a la qual s’anaren afegint nous miracles a cada edició.
Modernament ha estat renovada l’església, sobretot a la part frontal. Hi ha una albergueria, amb capacitat per a 600 persones, i un hotel (160 places). El 1967 fou coronada canònicament la Mare de Déu. És considerada patrona dels pastors pirinencs (cada any se celebra un concurs de gossos d’atura) i és invocada contra l’esterilitat femenina (les dones, tradicionalment, posen el cap dins l’olla). Al novembre del 2014 el santuari rebé el títol de basílica menor.