L’Opus Dei és constituït per un prelat amb el seu propi clergat i els laics (homes i dones, solters i casats, de diverses condicions socials) que, per vocació, s’incorporen lliurement a la prelatura. El prelat és també president general de la Societat Sacerdotal de la Santa Creu, associació de preveres unida intrínsecament a la prelatura i que té com a finalitat difondre entre la resta de clergues seculars l’esperit fundacional de l’Opus Dei. La seva finalitat és difondre una presa de consciència de la crida universal a la santedat i a l’apostolat, en l’exercici del treball professional ordinari i la pràctica conseqüent dels seus valors i estil de vida, que, tanmateix, no comporta cap mena de segregació respecte a la societat.
Dels membres de l’organització hom distingeix els numeraris, minoria de cèlibes dedicats amb exclusivitat a l’Obra i que viuen en residències de l’organització, i els supernumeraris, que formen la majoria, persones que en la seva vida quotidiana observen els preceptes de l’Obra i alhora en difonen el missatge. Realitza l’apostolat per mitjà de la secció d’homes i de la de dones, sota el govern i la direcció del prelat i dels seus vicaris, i amb l’assistència pastoral del clergat de la prelatura. Cadascuna de les dues seccions té, a més, un consell general. La cúria prelatícia de l’Opus Dei té la seu a Roma i, en cadascuna de les regions o circumscripcions (49 el 2016, amb uns 92.000 membres, la meitat dels quals són a l’Estat espanyol), que poden coincidir o no amb estats, hi ha consells semblants, que assisteixen el vicari regional, representant del prelat.
El 1947 la Santa Seu aprovà els estatuts de l’Opus Dei com a Institut Secular. Malgrat que tingué unes certes dificultats d’expansió arran del Concili Segon del Vaticà (1962-65), prengué un gran impuls durant el pontificat de Joan Pau II, el qual el 1982 li concedí la prelatura personal. No obstant aquest èxit, al qual cal afegir la beatificació (1992) i la canonització (2002) del fundador, el sorgiment a la fi del segle XX i l’inici del segle XXI de moviments dins de l’Església catòlica d’un involucionisme extrem, així com algunes polèmiques relatives a l’opacitat de l’organització, comportaren una certa resituació de l’Opus Dei al centre de l’espectre catòlic. Després d'Escrivá de Balaguer, estigueren al capdavant de l’Opus Álvaro del Portillo (1975-1994), que aconseguí la prelatura, i Javier Echevarría (1994-2016). Al gener del 2017 assumí la prelatura Fernando Ocáriz.
A l’Estat espanyol l’Opus Dei manté una influència notable, exercida bàsicament a través de l’activitat professional dels seus membres i d’organitzacions pròpies, especialment col·legis i cases de recés. S’introduí amb èxit en l’àmbit universitari, en el qual tingué iniciatives com la creació de l’escola de negocis IESE (1958). Dins del franquisme, l’Opus Dei trobà un aliat de primer ordre (tot i no formar-ne part) en l’almirall Carrero Blanco, el qual facilità a alguns membres l’accés a càrrecs dirigents del règim, arran de la finalització de l’autarquia i una certa obertura. Els anomenats tecnòcrates, alguns dels més prominents dels quals pertanyien a l’organització, com Ullastres Calvo, Alberto i Laureà López i Rodó, tingueren un paper significat en el desenvolupament i la modernització de l’Estat els anys seixanta. Tanmateix, és objecte de debat que la pertinença a l’Opus determinés la seva activitat pública.
A Catalunya, que amb Andorra forma una regió o circumscripció, els membres de l’Opus Dei eren, l’any 2016, uns 5.000, assistits per un centenar de sacerdots. El primer centre obrí el 1940 a Barcelona, on regenta l’oratori de la Bonaigua, a la zona alta de la ciutat, i la parròquia de Santa Maria de Montalegre, al Raval. En aquest barri, el 1998 creà la Fundació Raval Solidari, del qual depenen Acció Social Montalegre per a l’atenció familiar; Braval, de suport socioeducatiu, i Terral, per al desenvolupament de la dona, centres adreçats a la població immigrada i amb menys recursos. La prelatura manté també una presència indirecta en altres parròquies de Catalunya.