El 1396 el seu pare fou empresonat sota l’acusació de complicitat en la invasió de Catalunya per part de les tropes del comte Mateu de Foix i morí captiu a Castellví de Rosanes per l’abril del 1398. El títol comtal d’Empúries fou emprat aleshores pel germà gran, Joan II, però el rei Martí l’Humà no el reconegué ni es relacionà amb ell. Tingué tractes, en canvi, amb Pere, al qual en alguna ocasió anomenà vescomte d’Empúries. Armat cavaller pel monarca a Saragossa (1399), rebé el títol comtal d’Empúries, no reconegut, en morir el seu germà Joan II sense fills de la seva muller Elfa de Cardona (octubre del 1401). Al seu torn, Pere II morí pel novembre del mateix any sense descendència del seu matrimoni amb Joana de Rocabertí. Encara que Pere, per testament, intentà de deixar hereva del comtat la seva muller i hereu subsidiari el seu cunyat Jofre VI de Rocabertí, el rei Martí declarà incorporat el comtat a la corona (gener del 1402).