Fou professor de botànica a Marburg, Bonn, Basilea i Tübingen. S'especialitzà en embriologia i fisiologia vegetals. Estudià i mesurà les pressions osmòtiques de les solucions aquoses, mitjançant unes membranes semipermeables, que són conegudes com a cèl·lules de Pfeffer. Publicà Handbuch der Pflanzenphysiologie (1881) i Studien zur Energetik der Pflanze (1892), entre altres obres.