Fill de família camperola, estudià amb beca a l’escola de Besançon; després que la seva família s’hagué arruïnat, treballà com a tipògraf. Posteriorment aconseguí una beca per a estudiar a la Sorbona, a París, on es posà en contacte amb els fourieristes (Charles Fourier).
El 1840 escriví la seva primera obra, Qu'est-ce que la propriété, on qüestionava el fet que la propietat porti sempre a l’explotació i que els treballadors no posseeixin mai els mitjans de producció. Treballà d’apoderat d’una empresa de navegació, a Lió, i es posà en contacte amb el moviment mutualista. Fou l’iniciador (1848) del diari Le Représentant du Peuple, que fou suspès moltes vegades. L’any 1846 publicà l’obra Système des contradictions économiques ou la Philosophie de la misère, la qual havia ocasionat una polèmica amb Marx, que escriví en to irònic Misère de la philosophie (1847). Proudhon estava convençut que era possible un equilibri econòmic i un sistema de contracte social que, segons ell, no tenia un origen històric, sinó que era donat per les característiques bàsiques de la consciència humana: la solidaritat i l’ajut mutu.
Després d’uns quants anys a la presó (1849-52), perquè publicà articles contra Lluís Napoleó, escriví Philosophie du progrès (París, 1853). Tot i els seus problemes, havia posat il·lusió en el règim bonapartista i escriví De la Justice dans la Révolution et dans l’Église; nouveau principe de philosophie pratique (1858), que li valgué l’exili durant tres anys a Bèlgica. Tornà a París gràcies a l’indult que li donà l’emperador, i morí quan tenia en curs la redacció de la seva última obra, De la capacité politique des classes ouvrières (1865).
Als Països Catalans, malgrat haver exercit una primerenca influència sobre Ramon de la Sagra, la difusió de les seves obres no començà fins el 1860 gràcies a les traduccions de Robert Robert (Capital y renta, Teoría de la contribución, 1860 i 1862). Després fou F. Pi i Margall qui publicà un gran nombre de títols entre el 1868 i el 1872 (De la capacidad política de las clases jornaleras, Filosofía del progreso, Sistema de contradicciones económicas, El principio federativo, etc.) i que incorporà en part el pensament proudhonià al republicanisme federal. Posteriorment, especialment els anys noranta i al principi del s. XX, Proudhon fou assimilat sobretot per l’anarquisme i fou en col*leccions anarquitzants on més es reedità, així per Sempere de València o Bauzà i Presa de Barcelona.