Metge de professió, estudià també botànica, química, matemàtiques i filosofia. A 22 anys començà a exercir la cirurgia i a 40 assolí el càrrec de primer cirurgià del rei, aleshores Lluís XV. L’any 1744 esdevingué doctor en medicina i cinc anys després metge consultor del rei, i s’instal·là a Versalles, protegit per la marquesa de Pompadour. Tenia ja més de seixanta anys quan conreà l’economia. El 1757 conegué Mirabeau, poc després Turgot i Le Mercier de la Rivière, i més endavant Dupont de Nemours. El primer i aquest darrer, juntament amb Le Trosne i Baudeau, foren els seus deixebles, formant un grup compacte, conegut pel nom de les économistes, que utilitzà fins la premsa per a la divulgació de les seves idees. A la mort del rei, Quesnay caigué en desgràcia i morí el mateix any. Escriptor prolífic, a part els seus tractats de medicina i biologia, té vint-i-tres edicions d’obres d’economia política o filosofia social. Redactà alguns articles per a l'Encyclopédie. El seu treball més important és el Tableau économique (1758), obra basada en la història del pensament econòmic on introduí per primera vegada la idea de circulació, de la qual féu diferents versions.