Col·laborà amb José Artigas. Cap del partit colorado, fou ministre de la guerra (1829) i primer president de la República (1830). Molt popular entre els peons i ramaders de l’interior, derrotà l’oposició del general Lavalleja (1832-34) i s’encarà a les reclamacions dels espanyols. Hagué de resistir l’enfrontament de Manuel Oribe, del partit blanco, que tenia el suport del president argentí Juan Manuel de Rosas. Al final de la guerra civil fou proposada una presidència tripartida, Lavalleja, Flores i Rivera, que aquest ja no pogué compartir, perquè morí aleshores.