Passà la infantesa a Blanes i diverses temporades a Arenys de Mar i, ultra cursar la carrera de dret, que no exercí, administrava les seves propietats rurals.
Format en la lectura dels clàssics —Homer, Cervantes, Shakespeare—, per la influència del seu amic, el metge Ramon Turró, escriví en llengua castellana relats, drames romàntics de temàtica medieval i la tragèdia de tema històric Roderico, que quedà inèdita, com la resta de producció en castellà, excepte la narració El canto de la pescadora, inclosa en el volum Composiciones literarias (1878) de Turró. A trenta anys, però, es produí un canvi de perspectiva professional, d’estil i de llengua, i esdevingué un assidu participant en els Jocs Florals de Girona i de Barcelona, que li serviren de plataforma literària. Començà a col·laborar també, a partir del 1896, en revistes i diaris com ara La Renaixença, La Veu de Catalunya, La Revista, La Il·lustració Catalana, El Poble Català, Joventut, Catalunya, L’Avi Munné, Recull, El Matí, etc. Conegué Verdaguer i fou amic de Josep Carner, Francesc Matheu i Junceda i feu famosa la seva tertúlia de Blanes. Es casà el 1889 amb Teresa de Llinàs, que mai no comprengué la vocació literària del marit i li fou un obstacle. Format dins el Modernisme, del qual adoptà els postulats literaris, més que no pas els ideològics, Ruyra, per raons morals i estètiques, rebutjà els aspectes naturalistes més sòrdids i, sense acabar mai cap novel·la (La gent del mas Aulet, fabulació ambiciosa publicada a la revista Catalunya, no passà dels primers capítols), esdevingué tanmateix un narrador saborós, artitzat i líric.
Per raons de salut passà molts hiverns (1889-1900) a les Canàries, on escriví per lleure. Es revelà amb Marines i boscatges (1903), ampliada i refosa sota el títol de Pinya de rosa (1920). Aquesta obra, central en la seva producció, és estructurada en quatre llibres: Impressions, Fantasies, Novel·letes (que inclou En Garet a l’enramada, on fa ús de la tradició costumista, La Fineta i Jacobé, ambdues de forts lligams amb la narrativa modernista), i Novel·letes capitulades (on recupera El rem de trenta-quatre i afegeix L’idil·li d’en Temme, dues de les peces més significatives de la seva producció). El volum conté els trets principals de l’obra posterior: domini de la descripció, concretada en l’anàlisi minuciosa dels escenaris, el mar com a espai vital, l’estudi dels caràcters primaris, l’ús d’una prosa estilitzada que recorre al dialectalisme i la barreja d’elements reals i fantàstics. Girona i Blanes són els escenaris de les seves narracions, que combinen el verisme i la fantasia, tot aprofitant les vivències de la infantesa. Amb penetració psicològica analitza les ànimes primitives —dramàtiques o idíl·liques— dels pescadors o els pagesos, que retrata amb tant de realisme; fins transcriu les converses en el dialecte salat, que coneixia a fons. Un any abans, a instàncies de Josep Carner publicà La parada (1919), novel·la curta sobre la inadequació de l’escriptor enfront de la realitat, acompanyada de sis narracions de to moralitzant. El darrer recull de relats Entre flames (1928), fruit de la commoció que produí l’incendi de les Gavarres de l’agost del mateix any, on ell tenia bones propietats, dona la mesura del seu franciscanisme i el seu humorisme (El frare escalfallits). Les seves proses han estat reeditades sovint i hom en publicà les Obres completes (1949).
Com a poeta evolucionà des de la poesia de certamen, cap a una renovació formal que passà, a partir del 1897, per l’assumpció d’influències simbolistes, i des del 1905, de temes i tractaments parnassians i del sonet com a forma d’experimentació. Publicà la seva obra en vers dispersa a Fulles ventisses (1919), una mostra àmplia de la qual fou recollida el 1931 a La cobla, el llibre que conté l’obra que considerà literàriament vàlida. També publicà el poema narratiu El País del Pler (1906), i Non-non (1917), una adaptació de quinze cançons de bressol de diversos països, recollides més tard dins Fulles ventisses.
També cultivà el teatre, tot i que sense èxit. Estrenà tres peces —Amor a prova de bomba (1902), La Bona Nova (1928) i una versió escènica d’En Garet a l’enramada (1938)—, i pòstumament aparegué, dins les Obres completes, Assumpta, una peça religiosa, i el drama fantàstic inacabat El drac de Parnàssia.
En el camp de l’assaig, destaquen l’article El sentiment estètic en el moment de la sensació (1904), una reflexió teòrica aplicable a l’obra pròpia; L’educació de la inventiva, discurs llegit el 1921 en la V Festa Anual de l’IEC, en el qual exposa la seva teoria literària a partir d’una hipòtesi del matemàtic Henry Poincaré, i Art i moral (1928), una diatriba contra certes tendències de la literatura moderna, en què intenta demostrar que l’art ha d’estar subjecte a principis morals.
De la seva activitat de traductor, que bascula entre la funció instrumental i la reflexió sobre la llengua, destaquen Rondalles de poble, d’Erckmann-Chatrian, un recull de contes populars publicat el 1907 i ampliat el 1924, i Fedra, de Racine, publicada dins Obres completes.
Pertangué a l’Institut d’Estudis Catalans (membre corresponent el 1918 i numerari el 1930) i fou un eficaç col·laborador de Fabra en l’arreplega de mots i en la discussió de problemes filològics, que, en part, publicà a la premsa sota el títol de Qüestions de llenguatge. Alhora fou un teòric literari: L’educació de la inventiva (1938). La seva figura, que esdevingué llegendària per la descurança en el vestir, fou respectada per les generacions noucentistes, que el consideraren un mestre, per raó de la seva contribució a la fixació de la llengua literària. Durant la Guerra Civil de 1936-39 fou espoliat dels seus béns i després homenatjat pels seus vuitanta anys. Llavors es perdé la seva biografia inacabada de Turró. Morí pel maig del 1939, en un moment difícil que no feu possible el més mínim ressò.