Passà per Llotja i fou aprenent de Manuel Fuxà. Signant Jacobus Sabartés escriví proses i poemes i col·laborà a Joventut. El 1901 exposà escultures de caps d’infant a la Sala Parés. Assidu d’Els Quatre Gats, formà part del grup de Pablo Picasso, que coneixia des del 1899. Hi mantingué tota la vida una forta amistat i hi restà indissolublement vinculat a partir del 1935. El 1904 anà a Amèrica i s’establí a Guatemala, on s’integrà al cercle d’intel·lectuals i artistes fins el 1927, que marxà definitivament del país. Publicà articles a El Comercio, del qual fou director, Diario de los Altos, Diario de Centro América i El Tecolote de Quezaltenango, població on residí en 1913-20. Retornat a la capital de Guatemala, hi fou cofundador del centre d’ensenyament Alianza Francesa, on exercí la docència, que també exercí en un institut d’educació secundària i a l’Academia Nacional de Bellas Artes. A partir de l’experiència d’aquests anys a Guatemala escriví les novel·les Don Julián i Su Excelencia, basades en dictadors del país i publicades en versió francesa el 1946 i el 1949 a París, respectivament.
El 1928 retornà a Barcelona, on passà una època de dificultats personals fins el 1935, que Picasso el cridà a París, on s’instal·là i es convertí en el seu secretari particular, tasca que exercí fins a la mort. Esdevingué el principal difusor de Picasso i de la seva obra, amb més de vint llibres, dels quals sobresurten Picasso en su obra (1935), Picasso (1937) i Picasso, portraits et souvenirs (1946). El 1953 donà al Museo de Bellas Artes de Màlaga la seva col·lecció bibliogràfica picassiana de vora quatre-cents títols, i més tard, per indicació de Picasso mateix, lliurà unes sis-centes obres de l’artista a l’Ajuntament de Barcelona per tal de crear el Museu Picasso, inaugurat el 1963. A banda, Picasso feu un gran nombre de retrats de Sabartés al llarg de totes les èpoques de la seva vida en pintures, dibuixos o gravats. L’any 2018, en una exposició monogràfica, el Museu Picasso presentà per primer cop la correspondència de Sabartés amb Picasso (més de 700 cartes al llarg d’uns 40 anys).