La primitiva església s’aixecà el 1490 per guardar una relíquia de la Santa Faç del Crist, que segons tradició hauria passat de Jerusalem a Xipre i d’aquí a la capella del papa a Roma. El 1489 l’havia fet portar a Alacant amb motiu d’una secada el rector de Sant Joan d’Alacant Pere Mena, a qui n'havia fet donació un cardenal. Es tracta en realitat d’una icona bizantina que hom pretén que es pintà sobre el drap amb què la Verònica eixugà la faç del Crist. Prop del santuari s’aixecà un monestir de jerònims que fou reemplaçat el 1518 per l’actual convent de monges de Santa Clara. Durant la segona meitat del segle XVIII es reedificà el santuari i el monestir. La ciutat d’Alacant ha venerat sempre aquesta relíquia que es traslladava a la ciutat amb motiu de les calamitats públiques (pestes, secades, etc.). El patronat del santuari pertany a la ciutat.