L’antiga església parroquial de Sant Climent, de la qual només resten poques ruïnes, amb sepultures excavades a la roca, era una cel·la monàstica on el 844 residien uns monjos. El 881 la seva propietat fou cedida per privilegi de Carloman a la seu de Girona, cessió confirmada per un altre privilegi reial del 898 i per una butlla del 1010. A la fi del s XI se n'apoderaren els senyors de Peratallada, fins que el 1137 Dalmau de Peratallada la retornà a la seu de Girona. Fou després una simple parròquia.