Aquest emplaçament ha estat controvertit per tal com és dominat per elevacions veïnes. Inspirat en les teories de Sébastien Le Preste, té forma de pentàgon irregular, amb una longitud de 850 m de N a S i 500 m d’E a W, i un perímetre de 3,2 km. Ocupa 32,5 ha de superfície. Té sis baluards i set revellins i tota l’obra és voltada d’un ample fossat i glacis i camins coberts. Hi caben deu mil homes i té troneres per a unes 250 peces d’artilleria. La longitud total dels fossats és de 5 km. Al pati d'armes hi ha cisternes on hi caben 10 milions de litres d'aigua. Les obres de construcció també foren dirigides per Pedro Martín Cermeño.
Pati d'armes del castell de Sant Ferran
© Alberto González Rovira
Durant la Guerra Gran, i després de la derrota de Mont-roig i la mort del comte de La Unión, el seu governador Andrés de Torres el lliurà als francesos sense batalla. Durant la guerra del Francès fou ocupat per les tropes franceses des del 1808 fins al 1811, que fou pres a l’abril per l’atac per sorpresa planejat pels germans Pou i el seu cunyat Joan Marquès, de Castelló d’Empúries, però a l’agost fou recuperat pels francesos que el conservaren fins el 1814. El castell es rendí novament el 1823 als els Cent Mil Fills de Sant Lluís. L’any 1906 fou convertit en penal civil, funció que prestà fins el 1933. Durant la guerra civil de 1936-39, i a la seva fi, acollí les obres del Museo del Prado i hi tingueren lloc les darreres reunions del govern i el parlament de la República.
Durant el franquisme allotjà divisions militars fins el 1965, que passaren al centre d’instrucció militar de Sant Climent Sescebes. Des d’aquest any fou presó militar, i serví a aquest propòsit fins el 1991. Hi foren empresonats membres de la Unión Militar Democrática (1975), objectors de consciència i, en establir-se el règim democràtic hi compliren part de la condemna diversos sentenciats per l’intent del cop d’estat del Vint-i-tres de febrer, entre els quals Antonio Tejero Molina.
Cavallerisses del castell de Sant Ferran
© Alberto González Rovira
El 1997 fou oberta al públic i s’hi habilitaren visites guiades. Hom hi ha dut a terme nombrosos treballs de conservació i restauració. Des del 2003 la fortalesa és gestionada per un consorci integrat pel Ministeri de Defensa, la Generalitat de Catalunya i l’Ajuntament de Figueres, organisme al qual el Ministeri de Defensa cedí l’ús dels terrenys i instal·lacions del castell per un període de cinquanta anys. Diverses entitats n'han reclamat el traspàs íntegre i definitu a la ciutat. Els diversos projectes per a usos futurs han estat també motiu de polèmica.