Aquesta transformació fou iniciada pel ciutadellenc Bernat Ignasi d’Olives el 1652, que feu construir l’església. La repoblació i l’obra dessalinitzadora continuà el 1733, quan el governador anglès Richard Kane obtingué autorització per a invertir en aquesta obra les rendes de l’aiguardent. El 1817 fou inaugurada la nova església, erigida en vicaria ja el 1807, que posteriorment passà a parròquia; actualment l’església de Sant Joan Baptista resta annexada a la parròquia de Sant Antoni de Fornells.