L’església o esglésies de Sant Esteve, Sant Joan i Sant Miquel existien des del 958, que foren consagrades i es devien trobar molt properes; la de Sant Esteve i la de Sant Joan es refongueren en una de sola, amb els dos titulars; el 1079 fou donada pels vescomtes de Besalú, Udalard Bernat de Milany i la seva muller Ermessenda, a Sant Víctor de Marsella, perquè hi edifiqués un priorat. Fou dotat amb cinc esglésies parroquials veïnes —Santa Eulàlia de Begudà, Santa Maria de Castellar, Sant Pere de Lligordà, Sant Martí de Capsec i Sant Cristòfol les Fonts (dites també de les Fonts Superiores per a distingir-les de les de Sant Joan, a les quals els documents diuen les Fonts Inferiores)— i moltes donacions per la contrada.
El primer prior, Guanarri, fou nomenat el 1079. Els bisbes de Girona confirmaren la donació a Marsella els anys 1106 i 1127 i consagraren la nova església del monestir el 1117. Fou un priorat de pocs monjos: cinc als primers segles i dos al segle XIV. Depengué de Marsella fins el 1424; després fou encomanat a Sant Pere de Besalú, i el 1592 el papa Climent VIII l’úní a Sant Pere de Camprodon. Al segle XV ja no tenia comunitat i la parròquia adscrita al priorat era regida per un vicari perpetu. Resta la gran església romànica, de tres naus, la central amb volta apuntada i les laterals de quart de cercle i una baixa portalada. El 1725 fou destruït un dels tres absis per ampliar la rectoria; també perdé el primitiu campanar romànic (l’actual és de 1791-92). Després del 1939 fou restaurada, però gairebé no té culte des que perdé la parroquialitat del lloc. Procedeix del priorat una majestat romànica, ara al Museu Diocesà de Girona. Conserva encara una gran pica baptismal romànica, amb relleus, signada amb les lletres MNA.