La decadència de la ciutat romana motivada per les invasions dels segles III i V i per les males condicions naturals del port motivaren que la població d’Empúries, a l’alta edat mitjana, es refugiés al promontori de Sant Martí (l’església és esmentada ja el 842). Esdevingué la primitiva capital del comtat d'Empúries fins a les invasions normandes del segle IX; el comte Gausbert féu restaurar o reedificar la població el 927.
Detall de la porta d’entrada a l’església de Sant Martí
© CIC-Moià
Les restes de les muralles medievals i del castell d’Empúries són del segle XIII. També en aquesta època fou edificada una nova església, substituïda al començament del segle XVI (1507) per l’actual, gòtica i fortificada. El castell fou incendiat el 1285 per les forces franceses de l’almirall Guillem de Lodeva. Durant la guerra contra Joan II fou pres per les forces de la reina i l’infant Ferran el 1467 i confiat a Pere de Torroella, l’escriptor i militar, que l’abril de 1468 s’hagué de rendir al duc de Lorena després d’uns quants mesos de setge. Acabada la guerra, Pere de Torroella tingué drets sobre la població i reféu les muralles. Sofrí també atacs dels pirates. El 1675 fou saquejada per les tropes del mariscal Schömberg.
A partir del segle XV es formà el nucli de l'Escala, i les seves condicions més favorables com a port feren que al segle XVIII suplantés Sant Martí com a cap del municipi. La població anà minvant i moltes cases s’enderrocaren, fins que, modernament, a partir sobretot dels anys cinquanta i en part gràcies al boom turístic, el vell nucli ha estat refet, moltes cases han estat restaurades i habilitades com a llocs de segona residència i s’ha creat també una urbanització de torres i xalets extramurs.