És muntanyosa i el cim més alt és Pico da Vara (1 088 m), a l’extrem oriental. El centre principal és Ponta Delgada, capital de tot l’arxipèlag. Altres nuclis són Vila Franca do Campo i Ribeira Grande.
São Miguel vist des del satèl·lit Copernicus Sentinel-2A
Agència Espacial Europea (CC BY-SA 2.0)