El malestar tenia l’origen en el peculiar repoblament d’aquesta zona (que pertanyia bàsicament als ducs de Gandia i de Maqueda, marquesos d’Albaida, Dénia i Guadalest, comtes de Cocentaina i del Real) després de l’expulsió dels moriscs (1609-15), que reafirmà encara més el règim senyorial imperant. Un exemple representatiu fou el de Muro del Comtat, per les condicions lleonines que el senyor del lloc, Gaspar Roís de Corella, comte de Cocentaina, exigí als seus repobladors: reconeixement de la propietat senyorial de les terres, residència obligatòria, submissió total a la jurisdicció nobiliària per part del consell general, reserva per part d’ell de la moreria i de part de la producció, serveis, etc. En general, durant la primera llarga meitat del s XVII, el baix nivell de vida dels pagesos havia cristal·litzat en la rebel·lió primitiva del bandolerisme, extraordinàriament puixant en el regne. Però el millorament de la situació del camp, emmarcat en la recuperació de la perifèria peninsular a partir de 1670-80, alhora que suposà un descens del bandolerisme, afavorí les discrepàncies dels vassalls respecte al pagament de drets senyorials. El primer intent ja havia tingut lloc el 1657, quan, a instància del consell general de Muro, Vicent Terol inicià, sense èxit, gestions per a rebaixar els censos dels pagesos, i seguiren les revoltes frustrades de 1663 a l’Horta de València, l’avalot dels vassalls del monestir de Valldigna el 1672, el del camp de Morvedre el 1689. La Segona Germania es desenvolupà en dues fases ben diferenciades: reivindicacions jurídiques des del gener del 1693 i revolta armada del 9 al 15 de juliol, de la qual se seguí una forta repressió. Les al·legacions dels pagesos, tot i que arremetien contra els senyors, que es beneficiaven il·legalment —segons ells— de les condicions favorables del repoblament, més enllà dels trenta anys atorgats per Felip III, foren portades legalment per llur representant, Francesc Garcia del Ràfol de l’Almúnia, que lliurà un memorial al rei Carles II. Però el seu fracàs, en remetre el Consell d’Aragó el problema a l’audiència de València, jutge i part d’aquest pel fet que tenia interessos senyorials a la zona, afavorí l’agitació que esclatà el 9 de juliol, quan el batlle de Gandia —a requeriment del duc— agafà quatre pagesos que es negaven a repartir la collita. Però l’improvisat exèrcit de revoltats, que es formà ràpidament i espontàniament, sota el comandament de Josep Navarro, barber de Muro, poca cosa pogué fer, llevat d’alliberar els companys i d’enfrontar-se, en inferioritat de condicions, a les tropes del lloctinent, marquès de Castelo Rodrigo. Aquest derrotà els revoltats a Setla de Nunyes el 15 de juliol de 1693. La repressió posterior, amb l’esquarterament de Navarro, afavorida per la noblesa i l’alta clerecia (l’arquebisbe de Toledo Tomàs de Rocabertí s’oposà als clergues rurals partidaris dels pagesos), només ajornà un problema que es replantejà amb la guerra de Successió.