Format a Burgos amb el seu pare, Gil de Siloé, de molt jove féu un viatge a Itàlia, on entrà en contacte amb el món del Renaixement (Retaule de la capella Caraccioli de San Giovanni in Carbonara, a Nàpols, en col·laboració amb Bartolomé Ordóñez). De retorn a Burgos, féu algunes obres per a la catedral: Sepulcre de Luis de Acuña (Capilla de Santa Ana, 1519), el de Diego de Santander (claustre) i l'Escalera Dorada (1519-23); col·laborà també amb F.Bigarny en el Retaule major de la Capilla del Condestable (1523-26). El 1528 anà a Granada, on acabà l’església de San Jerónimo, en la qual tallà el cadirat del cor i féu part de la decoració, i continuà, en estil Renaixement, les obres de la catedral, iniciada per E.Egas segons un esquema gòtic. Dedicat des d’aquest moment molt més a l’arquitectura —sembla que intervingué en el Colegio de los Irlandeses de Salamanca, treballà en les catedrals de Màlaga (1540) i Guadix (1541) i construí les esglésies de Montefrío (1543) i Iznalloz (1549)—, continuà conreant, però, l’escultura: part baixa de la Puerta del Perdón (catedral de Granada), estàtues orants dels Reis Catòlics (Capilla Real de Granada), tomba d’Alonso de Fonseca (Santa Úrsula de Salamanca) i Sagrada Família amb Sant Joan (Museo Nacional de Escultura Policromada, Valladolid). Per la seva nombrosa i valuosa producció és considerat un dels millors representants del primer Renaixement a la península Ibèrica.