Fou membre de l’expedició de Pedrarias Dávila al Darién (1516) i participà en la conquesta de Nicaragua amb Hernández de Córdoba. S'uní a Francisco Pizarro en la conquesta del Perú, on s’enriquí, i acompanyà Diego de Almagro en la seva expedició del 1534. Durant les guerres civils peruanes féu costat als Pizarro, però el 1536 tornà a la península Ibèrica. Governador de l’Havana (1537) i adelantado de Florida, el 1531 preparà una forta expedició i penetrà al continent (1539-41) fins a la vora del riu Mississipí, que travessà, en lluita constant contra els indis. L’expedició fou un fracàs i Soto morí de febres poc després de començar la retirada, que dirigí el seu lloctinent Moscoso.