Té l’origen en l’organització política i guerrillera d’alliberament ovambo, fundada el 1957 per Herman Toivo ja Toivo, que el 1960 adoptà el nom actual, sota la direcció de Sam Nujoma. Multiracial i marxista, lluità contra l’intent de Sud-àfrica de consolidar la seva hegemonia a Namíbia. El braç militar de la SWAPO, l’Exèrcit d’Alliberament Popular de Namíbia, atemptà des del 1966 contra objectius sud-africans al territori i rebé el suport d’Angola i Zàmbia (on instal·là les seves bases) i de forces cubanes. Com a represàlia, aquests estats foren atacats per Sud-àfrica. Del 1973 al 1989 la SWAPO fou reconegut per l’ONU com l’únic representant legítim del poble namibià. El conflicte armat es perllongà fins el 1989, que els diversos grups en conflicte (bàsicament Sud-àfrica, Angola i la SWAPO) accediren a desarmar-se i negociar la independència de Namíbia sota la vigilància de l’ONU. Aquest mateix any la SWAPO guanyà per majoria absoluta les eleccions per a una Assemblea Constituent, esdevinguda Assemblea Nacional el 1990, any en el qual Nujoma esdevingué president. En les eleccions del 1994 Nujoma i la SWAPO foren confirmats en el poder.