Ambdues institucions supervisen diversos museus especialitzats. Al Berlín Oriental tenen un relleu especial el Bode-Museum (nom que rebé, el 1958, l’antic Kaiser-Friedrich-Museum) i el Pergamon-Museum (amb obres arqueològiques de Grècia i de l’Orient Pròxim i Mitjà, especialment l’altar de Pèrgam). Al Berlín Occidental hi ha el museu Dahlem, que conté, entre altres seccions (Museum für Völkerkunde, Islamisches Museum, etc), una important galeria de pintura (Gemäldegalerie Dahlem), i els museus procedents de l’antiga Stiftung Preussischer Kulturbesitz inclosos al Charlottenburg.