El 1548 se'n féu càrrec la Companyia de Jesús; fou la primera Universitat de l’orde, i les seves constitucions (1549-50) —amb les del col·legi de Messina— serviren de model a les seves universitats posteriors. Posada en funcionament el 1549, tingué primer vuit càtedres, que foren després reduïdes a cinc i modificades de nou el 1557. L’expulsió dels moriscs comportà un greu cop per al seu desenvolupament, i no se'n recuperà fins a la fi del segle. El s. XVIII, malgrat les discussions amb la Universitat de València, fou de gran esplendor. Felip V li confirmà els privilegis el 1720, encara que, a instàncies de la Universitat de Cervera, prohibí que hom hi concedís graus acadèmics als estudiants del Principat. El nombre de càtedres augmentà fins a un total de 22 (el 1742 la duquessa Marianna de Borja, com a patrona, obtingué de Benet XI la unió de quatre canongies de la col·legiata de Gandia a quatre noves càtedres). Després de l’expulsió dels jesuïtes de l’Estat espanyol (1767), la universitat fou encarregada a professorat laic, però, a instàncies dels canonges de la col·legiata, l’11 d’agost de 1772 fou suprimida. El decret de reestructuració de les universitats del 1807 en reafirmà la supressió. Entre els seus professors més destacats cal esmentar J. Andrés, F.V.Pérez i Bayer i J.Cabanilles. El 1806 hom instal·là en el seu edifici un col·legi d’escolapis, que encara perdura.