Fou fundat pel prevere Pere Rigald, que des dels volts del 1060 regia una església existent al lloc, on habitava amb alguns preveres o clergues que assajaven vida comunitària. Fou erigit en canònica el 1069, que alguns matrimonis del veïnatge li cediren les terres que envoltaven l’església per formar la dotació inicial. La nova comunitat adoptà aviat la regla canonical de sant Agustí, i Pere Rigald en fou un dels propagadors per totes les terres gironines, fins a Sant Joan de les Abadesses.
Altar de l'església del monestir de Vilabertran
© Alberto González Rovira
Vers el 1080 s’inicià la construcció de l’actual església romànica, de planta basilical, amb tres absis que s’obren en un petit transsepte que sobrepassa molt poc els murs de les naus. Fou consagrada el 1100, i aleshores Pere Rigald en fou nomenat abat i li fou confirmada la dotació canonical. L’església no era encara del tot acabada, i fou continuada després, tot i que restà per construir un segon campanar i la portada, que s’intentà fallidament de completar al s. XVI. El fundador morí el 1107, després d’haver residit algun temps a Sant Joan de les Abadesses i haver fundat el Camp, al Rosselló; el seu sepulcre es conserva dins el temple actual, on fou venerat com a beat pels canonges del monestir. Els abats successors actuaren sempre amb el bisbe de Girona, al qual devien obediència canònica, i intervingueren en la fundació d’altres canòniques, a Lledó, Ullà, Sant Martí Sarroca i Roca-rossa, i en tots els afers importants de la diòcesi.
A migdia de l’església fou construït al s. XII el claustre, auster i senzill, voltat dels antics edificis conventuals: sagristia, sala capitular, refetor i cuina, biblioteca i arxiu, tots coberts amb volta, i sobre els edificis de la banda de llevant, el dormitori, cobert de bigues sobre arcs de pedra apuntats.
Aspecte del dormitori del monestir de Vilabertran
© Alberto González Rovira
La comunitat, composta normalment de dotze canonges, arribà gairebé a doblar aquest nombre entre beneficiats, comensals i familiars. Els vescomtes de Rocabertí, senyors de Peralada i grans benefactors del monestir, construïren al s. XIV una capella funerària a l’extrem nord del petit creuer, on ara hom guarda la famosa creu processional del s. XIV, restaurada a instàncies de Manuel Brunet, gran propagandista modern de Vilabertran. S'hi casà Jaume II amb Blanca de Nàpols (1295), i el rei Pere III el 1392 prengué el monestir sota la seva protecció. L’últim gran abat constructor fou Antoni Girgós (1410-24), que féu envoltar de muralles el monestir i fortificar-ne l’absis, i construí la torre del Rellotge i, sobretot, el magnífic palau abacial, un dels millors edificis del gòtic civil del país.
La canònica fou secularitzada el 1592, i es convertí aleshores en una col·legiata regida per un arxipreste amb onze canonges. L’any 1794 els francesos saquejaren l’abadia i n'iniciaren la ruïna, que es completà amb l’extinció de la col·legiata el 1835. El 1936 la diputació provincial de Girona n'inicià la restauració, que s’emprengué seriosament el 1945 a l’església i el campanar. Falta encara de restaurar les antigues dependències monàstiques, i sobretot la casa abacial, que es troba en estat ruïnós. El 2008 hom dugué a terme una segona restauració de la creu, durant la qual hom descobrí fragments de documents dels s. XIII i XIV a l’interior dels medallons.