El terme s’estén principalment pel vessant de l’esquerra de la vall, on es destaquen les ruïnes dels despoblats de Bell-lloc i de Campelles (lloc esmentat el 906 del qual només resta l’església de Sant Esteve); a la dreta del riu (límit amb el terme de Cornellà de Conflent) hi ha només el recinte estricte de la vila. La superfície dedicada a l’agricultura és molt escassa (10 ha) i destinada tota a arbres fruiters: 6 ha de pomeres, 2 de pereres i 2 d’albercoquers; el cens ramader és nul.
La vila (vilafranquins; 435 m alt) fou bastida a la dreta de la Tet, a la confluència amb el riu Major de Vernet, damunt una roca granítica.
Fou fundada en 1088-90, a l’indret d’un antic hospital esmentat ja el 1025, pel comte de Cerdanya Guillem Jordà, per tal de substituir Cornellà com a centre del Conflent (vegueria de Vilafranca de Conflent), funció que mantingué fins el 1790. Aquest comte atorgà una carta de franqueses i autoritzà un mercat setmanal, l’únic de tot el Conflent. Ben aviat, als pocs habitants de les cases que voltaven l’hospital s’afegiren els que davallaren de Campelles, i ràpidament es formà i s’emmurallà la vila. Pere I de Catalunya-Aragó (1207 i 1211) i el comte Nunó Sanç de Rosselló i Cerdanya (1236) atorgaren nous privilegis, que Jaume I recopilà i completà el 1243 en els costums de Vilafranca de Conflent, que atorgà a la vila i alhora a Puigcerdà i a Bellver de Cerdanya (exempció de mals usos, llibertat de pasturatge als prats reials, fires anuals, normes processals). Com que des del tractat de Corbeil les Corberes havien deixat d’ésser la defensa de Catalunya i els castells i les viles fortificades del Conflent havien pres importància estratègica, Jaume I amplià encara el 1271 els privilegis de la vila. Ben aviat esdevingué un important centre industrial, amb una notable producció drapera i adobera. Durant la guerra de Pere III de Catalunya-Aragó contra els reis de Mallorca, sofrí durs atacs i el saqueig de les forces del Cerimoniós.
Durant la segona meitat del segle XIV s’inicià un procés de decadència (els 341 focs del 1355 eren 171 el 1384 i 127 el 1424), que l’ocupació francesa consegüent a la guerra contra Joan II feu definitiva. El 1654, durant la guerra dels Segadors, fou assetjada i presa pel regiment francès del príncep de Conti; els francesos, en virtut del tractat dels Pirineus (1659), ja no l’hagueren d’abandonar. La població no acceptà fàcilment la nova dominació, i el 1674 la vila fou escenari d’un dels complots contra les autoritats de Lluís XIV (conspiració de Vilafranca de Conflent). Després de l’annexió a França, la tradicional indústria tèxtil acabà de desaparèixer i les adoberies del raval (format a ponent de la vila, a l’esquerra del riu), que encara funcionaven al segle XVIII, restaren com a activitat industrial. Durant aquest segle la capitalitat administrativa del Conflent anà essent assumida a poc a poc per Prada, malgrat les protestes dels cònsols de Vilafranca, situació sancionada el 1773 amb la divisió departamental, que creà la sotsprefectura de Prada. Al començament de la Revolució Francesa el municipi prengué el nom de Commune-Franche. El 1793, durant la Guerra Gran, les tropes espanyoles aconseguiren de mantenir-se a la vila durant algunes setmanes. El 1925 deixà de tenir guarnició militar.
Resta una bona part de les muralles medievals, i algunes portes i torres angulars rodones; el 1669 Vauban inicià la modernització de l’antic sistema defensiu, força malmès per la guerra, obra acabada el 1693 i que feu de la vila una gran fortalesa de planta pentagonal amb un gran baluard a cada angle (del Rei, de la Reina, del Delfí, de Cornellà i de la Carnisseria); Vauban, a més, feu bastir altres fortificacions externes complementàries, entre les quals la de la cova Bastera (gran caverna natural d’uns 200 m d’extensió, que el 1674 havia servit per a amagar patriotes antifrancesos), la qual convertí en casamata, i, sobretot, el castell o fort de Vilafranca de Conflent, bastit a mig vessant de la muntanya de Bell-lloc, a la banda oposada del riu, que en temps de Napoleó III fou unit a la vila per una escala subterrània de prop de mil graons. A la vegada que fou fundada la vila, el bisbe d’Elna fundà (1092) l’església parroquial (Sant Jaume), sota la dependència del priorat de Cornellà de Conflent, la qual consta ja construïda el 1097. Aquest primer edifici correspon a la meitat de la primera nau actual; fou ampliat a mitjan segle XII amb una segona nau, i al segle XIII amb la prolongació de totes dues. El notable portal de marbre esculpit és també del segle XII. Hom hi afegí un campanar de planta quadrada de dos pisos; ha desaparegut l’antic claustre. El retaule de l’altar major és del 1823; l’església conserva, procedents del veí monestir de Sant Pere de la Roca, els retaules de Sant Pere i de la Mare de Déu, del primer terç del segle XVII, i la imatge i petit retaule de la Mare de Déu de Vida, esculpit el 1715 per Josep Sunyer. Entre molts altres objectes conserva, encara, una Mare de Déu del Bonsuccés, escultura de marbre del segle XIV. Dos llargs carrers, antigament flanquejats per porxos, travessen la vila de cap a cap: el de Sant Joan (o carrer Major) i el de Sant Jaume. Entre els nombrosos edificis cal destacar el de la cort del veguer, la torre del consolat i les cases de les famílies Pasqual, Descatllar i Llar.