Treballà, el 1582, al Palazzo Ducale de Venècia i acabà els frescs de la cúpula de Santa Maria dei Fiori de Florència. Viatjà a França (1572-74), als Països Baixos, a Anglaterra i a la península Ibèrica (1585), on féu el retaule major de la capella d’El Escorial, algunes pintures del qual, com que no agradaren al rei Felip II, foren substituïdes per unes altres que pintà Tibaldi. Excel·lí també com a teòric: l’any 1607 escriví el tractat Idea, on divulgava el neoplatonisme de Miquel Àngel. El seu germà, Taddeo Zuccari (Sant'Angelo in Vado 1529 — Roma 1566), també pintor, decorà amb P.Fontana diverses sales de la Villa Giulia de Roma (1955) i féu els frescs de la Sala dei Fasti Farnesiani del Palazzo Farnese (Caprarola) i els de la Sala Regia del Vaticà, en col·laboració amb Federico. Ambdós germans són representants a Roma del darrer manierisme pictòric. Llur estil és caracteritzà pel to acadèmic de les composicions, de vegades no exemptes d’una llibertat pròpiament manierista.