El mot contrapunctus vol dir ‘punt contra punt’, o sia, nota contra nota i, per extensió, melodia contra melodia. L’escriptura contrapuntística es desenvolupà ensems amb la polifonia a partir del segle IX. El primer exemple històric en què dues melodies s’independitzen de la relació intervàl·lica constant és la invocació Rex coeli, Domine d’Hucbald de Saint-Amand (segle IX); les veus parteixen de l’uníson, se separen fins a la distància de quarta i acaben una altra vegada a l’uníson. Aquestes divergència i convergència (moviment contrari) es concretaren en l'organum i en el discantus, on és practicat l’encreuament de veus (inversió de greu i agut), l’alternança de quartes i quintes i l’admissió de les terceres i sextes com a semiconsonàncies de duració breu, intercalades entre les consonàncies. A la fi del segle XII i durant el segle XIII hom inventà i perfeccionà la imitació o cànon i el motet, en el qual el baix era format per cant pla en notes llargues i veus superiors que es movien amb una gran llibertat. Fou l’època de l’escola de Notre-Dame de París, representada per Leoninus i Perotinus. Franc de Colònia i Philippe de Vitry, teòric de l’Ars Nova, codificaren d’una manera més precisa l’art del contrapunt.
Al segle XV el principal centre de les tècniques contrapuntístiques fou Cambrai, on tingué origen l’escola franconeerlandesa, i els principals compositors foren John Dunstable, Gilles Binchois i Guillaume Dufay. L’escola flamenca de contrapunt tingué una gran esplendor en les figures d’Ockeghem, d’Obrecht i de Josquin des Près. El contrapunt continuà el seu predomini en les composicions polifòniques fins al segle XVI, i ha perdurat fins avui com un element fonamental del llenguatge musical.