La gran florida de moviments càtars dels segles XI-XII, i també d’altres moviments espirituals i apocalíptics, determinà la urgència de la funció episcopal de vetllar per la conservació de la fe de la comunitat cristiana. En el context de la croada contra els albigesos, el concili de Tours (1163) determinà que les autoritats tenien l’obligació de cercar els heretges de llur diòcesi o territori; d’aquí vingué la primera aplicació, bé que temporal —tres mesos—, a Tolosa, per obra del cardenal legat, Pere de Sant Crisògon, i el comte Ramon V. L’experiència del Llenguadoc i la política repressiva de Lluís IX de França motivaren la decretal del papa Luci III (Ab abolendam, 1184), donada en presència de l’emperador Frederic I, que hom pot considerar el document fundacional de la inquisició medieval; establia l’obligació dels bisbes de visitar, amb delegació pontíficia, almenys dues vegades l’any, la diòcesi pròpia per cercar-hi els heretges, absoldre'ls o castigar-los. Posteriors constitucions d’Innocenci III, que ratificà el fonament jurídic que l’heretgia és un crim de lesa majestat, i sobretot el concili IV del Laterà, promulgat com a llei imperial per Frederic II, determinaren el fonament d’aquesta institució i el seu procediment; l’emperador introduí, a més, davant les vacil·lacions de la cúria romana, la pena de foc, que després fou comunament acceptada. Gregori IX (1231) instituí inquisidors permanents i amb territoris delimitats, que gradualment absorbiren les funcions inquisitorials dels bisbes i després els eliminaren; la institució empalma, al segle XVI, amb la inquisició romana.
El decret de Gregori IX i els posteriors manuals d’inquisidors —Nicolau Eimeric, Bernat Gui, Ramon de Penyafort— configuraren aquesta institució judicial: la competència, que inicialment era l’heretgia, s’estengué a d’altres camps, com ara blasfèmia, excomunicats, bruixes, pecats contra natura, adulteri, incest, etc. El procediment podia començar d’una manera diversa —denúncia, sospita, opinió pública, etc— i donava lloc a l’interrogatori de l’inculpat, fet en presència de dos testimonis, en el curs del qual podia ésser sotmès a turment i a presó; la culpabilitat sortia o bé de l’autoreconeixement o bé del testimoni advers de dues persones, dignes de fe, el nom de les quals era secret i que havien d’ésser castigades amb penes molt greus en el cas de falsa testimoniança; reconeguda la culpa, era convocat un jurat, representatiu dels diversos estaments, escoltat el qual l’inquisidor dictava la sentència i, si era de pena capital, el reu era lliurat al braç secular per a la seva execució, generalment pel foc, del qual no escapaven els cadàvers dels condemnats ja difunts; si el culpable era clergue, hom procedia prèviament a la seva degradació. Les penes a imposar anaven des de la presó ad vitam —que comportava la confiscació de béns— fins a pelegrinatges; la més lleu era d’anar vestit d’una forma determinada, fet que comportava la infàmia de la gent. El finançament era fet principalment amb els diners procedents de les multes i de la confiscació.
A la fi del segle XV fou creat a Castella un tribunal mixt, eclesiasticocivil, concedit pel papa Sixt IV als reis Isabel I de Castella i Ferran II de Catalunya-Aragó per a inquirir i castigar l’heretgia dels judaïtzants (1478), a fi de mantenir la unitat religiosa, considerada aleshores com a element primordial de la unitat política. Enric IV, atesa la ineficàcia de la inquisició medieval a Castella davant aquest grup, ja havia demanat a Roma una nova inquisició, amb inquisidors elegits pel rei, que li fou denegada (1461), com també una nova petició feta pels nobles a Medina del Campo (1465).
Possiblement la inclinació dels conversos de Càceres pel bàndol portuguès contrari a Isabel i el viatge d’aquesta per terres d’Extremadura i l’Andalusia occidental (1477-78) mogueren la reina a renovar la petició al papa Sixt IV, que en la butlla Exigit sincerae devotionis (1478) concedí als conversos aquesta nova inquisició, que gradualment, però, anà estenent, al llarg de tres segles i mig d’existència, la seva jurisdicció: vigilància dels funcionaris reials (1490), moriscs (1492), apocalíptics (1500), sodomia i altres pecats de tipus sexual (1504), independentistes navarresos (1516), il·luminats (1525), erasmistes (1539), luterans i protestants en general (des del 1559), vigilància sobre els llibres amb edició d’un Índex (1559-1790), posat successivament al dia i font d’enfrontaments amb la corresponent congregació romana. A partir del segle XVII, a causa de la seva vinculació amb l’estat, s’estengué a jansenistes, maçons, filòsofs i lliurepensadors i revolucionaris liberals.
El primer lloc d’aplicació fou Sevilla (1480) i les queixes (procediment anticanònic, facultats exorbitades, disminució de l’autoritat episcopal, etc) determinaren la suspensió del tribunal per Sixt IV (1482), però les peticions de Ferran II per a reimplantar-la a la corona catalanoaragonesa, acompanyades de les d’Isabel, com també la política conciliatòria del rei en la qüestió de Nàpols, obtingueren la nova i definitiva concessió del tribunal (agost del 1483). També aquesta nova implantació fou difícil, car el mateix papa volia preservar el dret d’apel·lació a Roma, però s’anà imposant i mantingué una forta activitat als segles XVI-XVII, la qual decresqué durant el segle XVIII.
Les primeres supressions del segle XIX foren la de Josep I Bonaparte (1808) i la de les Corts de Cadis (1813), que la substituïren per uns tribunals eclesiàstics dictaminadors del delicte, que lliuraven el culpable al tribunal civil; restablerta per Ferran VII (1814), fou novament suprimida en el Trienni Liberal (1820), i la seva no-instauració en la Dècada Ominosa portà a la creació de les juntes de fe. Suprimides aquestes, la petició repetida d’alguns bisbes i del mateix Consell de Castella fou neutralitzada per la campanya del periòdic “L’Étoile” de París i les gestions dels ambaixadors de la Santa Aliança, sobretot el francès; d’altra banda, el papa Pius VIII erigí la nunciatura com a tribunal d’apel·lació en les causes de fe (1829). El 15 de juliol de 1834 la regent Maria Cristina abolí definitivament el tribunal de la inquisició.
La darrera inquisició havia tingut com a òrgan de govern el Consell de la Suprema i General Inquisició. En el camp local es constituïren tribunals, nomenats per l’inquisidor general, i altres càrrecs menors: receptor de béns, algutzir, escarceller, nunci, notari de segrests i jutge de béns, qualificadors, consultors; corresponsals als pobles o a comarques eren els comissaris ( comissari de la inquisició) i familiars ( familiar de la inquisició). Tribunals permanents foren Sevilla (1481), Còrdova (1482), Valladolid (1485), Saragossa (1485), Toledo (1485), Llerena (1500), Canàries (1504), Conca (1512), Granada (1526), Logronyo (1570); altres tribunals actuaren durant un temps més o menys llarg. El procediment del tribunal i la seva organització interna restaren assenyalats en les Instrucciones antiguas, dels inquisidors Tomás de Torquemada i Diego de Deza, i les Instrucciones nuevas, d’Alfonso Manrique i Fernando de Valdés; pràcticament no difereixen del procediment medieval, si no és en la solemnitat de l’edicte de gràcia i l'acte de fe, així com en la insistència a mantenir sota un secret rigorós el nom dels testimonis de càrrec, origen de molts abusos. També el finançament del tribunal tingué les mateixes fonts, i el volum econòmic dels béns confiscats arribà a adquirir una importància primordial.
La inquisició als Països Catalans
El primer acte documentat d’inquisició general a Catalunya potser és del 1194, quan Alfons I promulgà a Lleida un document contra els valdesos, els quals declarava enemics públics de Crist i dels seus regnes, subscrit per alts dignataris de la clerecia i de la noblesa. El 1198 Pere I promulgà una constitució en el mateix sentit. Aquests dos actes assentaren la inquisició a Catalunya. A la primeria del segle XIIII es consolidà, i el concili IV de Laterà reforçà la repressió contra els heretges, exercida d’alguna manera a Catalunya abans del 1220 a les serres de Prades i al Priorat.
En temps de Jaume I, la inquisició féu un gran pas cap a la institucionalització amb Ramon de Penyafort, que la configurà i hi vinculà en certa mesura el seu orde de predicadors; el concili de Tarragona del 1234 encara conservà l’autoritat episcopal en els processos coercitius de l’heretgia; però els dominicans ja anaven escalant-ne l’hegemonia, el desplegament de la qual era un fet a Catalunya abans del 1240. El concili tarragoní del 1242 codificà la inquisició i l’afaiçonà dins el context medieval català. Actuà sobretot contra els valdesos i els càtars al segle XIV, però s’abaltí al darrer terç, tot i que hi hagué processos esporàdics i ressonants, com el dels templers, sobre el qual fou dictada sentència absolutòria a Tarragona el 1312, o el d’Arnau de Vilanova, substanciat el 1316, quan ja era mort. Reprengué contra els begards, amb actes de fe que comportaren penes capitals i cremacions, però també hi hagué una tendència a la reconciliació. Cal esmentar la gestió humanitària de l’inquisidor Nicolau Rossell. Amb Nicolau Eimeric —elegit el 1356—, que conduí molts processos amb energia singular i amb agressivitat, tornà l’enduriment. Després de la seva mort, el 1399, la inquisició catalana caigué en un període d’inacció que fou l’excusa per a instaurar la castellana, malgrat la forta resistència de les autoritats civils.
Torquemada, confessor del rei i inquisidor de Castella, fou nomenat inquisidor general de Catalunya el 1483, i paral·lelament era implantada també a Saragossa i València (1484), a la ciutat de Mallorca (1488), a Sicília (1487) i a Sardenya (1492), però mai a Nàpols. L’inquisidor general a Catalunya no atenia totes les diòcesis del Principat, sinó només les de Tarragona, Barcelona, Girona, Lleida, Urgell, Vic i Elna; la de Tortosa fou incorporada a la inquisició valenciana. Entre el 1507 i el 1518 hi hagué un període de pretesa autonomia inquisitorial catalana: el bisbe de Vic i de Lleida Joan d’Énguera (1507-13), els bisbes de Tortosa Lluís Mercader (1513-16) i Adriaan Floriszoon (futur Adrià VI) (1516), el qual passà a ésser-ho de Castella (1518), i a partir d’aleshores es fusionà el càrrec, i tots els tribunals locals passaren a dependre del Consell de la Suprema. L’organització i el procediment, doncs, foren comuns i, bé que alguns inquisidors i, certament, la majoria de càrrecs menors foren gent del país, el tribunal fou un instrument de castellanització i font de conflicte constant amb les autoritats autòctones, que mogueren plets per qüestions d’immunitats i privilegis, atès que no podien fer-ho per d’altres de més importants. Els segles XVI-XVII foren els de màxima activitat i, a Mallorca, la renovació dels penitencials amb gramalleta en aquesta època donà origen a la qüestió xueta. El 10 de març de 1820 fou proclamada la constitució de Cadis a Barcelona: fou assaltat el tribunal de la inquisició i es perdé una gran part de la documentació, com a Mallorca. A València fou substituïda per la Junta de la Fe, al començament de la Dècada Ominosa (estiu del 1824), però no al Principat ni a Mallorca, on la supressió del 1834 fou la sanció d’un fet ja consumat.