Apareixen documentats a mitjan segle VIII a Mongòlia, on formaren un estat independent, bé que tot reconeixent la sobirania del govern xinès, amb capital a la vall de l’Orkhon, prop de la futura Karakorum. En aquesta època adoptaren el maniqueisme i l’alfabet sogdià. Cap al 840, arran de la invasió dels kirguisos, es desplaçaren a l’occident i formaren un imperi al Turquestan que es mantingué fins al segle XIII. Un altre grup es dispersà per la Xina i es feu budista o nestorià. Més tard foren vassalls dels karakitai, dels mongols i dels calmucs.
Actualment el nom s’aplica, en record d’aquest imperi medieval, als habitants majoritaris del Turquestan xinès, anomenat Xinjiang (uns quatre milions d’individus), i del Kazakhstan (uns 100.000). Les ciutats més importants de població uigur són Ūrūmchī i Kāshghar, bé que acostumen a habitar en petits poblats rurals dedicats a l’agricultura i a la indústria del cotó. Practiquen l’endogàmia i són musulmans sunnites. Davant els intents d’assimilació forçosa xinesa, els darrers anys ha sorgit al Xinjiang un important moviment secessionista, el qual ha generat una forta repressió del govern xinès.