Té com a objectiu la creació d’un estat islàmic, i els seus líders principals són Abbasi Madani, Alí Belhadj i Rabah Kebir. D’implantació sòlida, en les eleccions municipals del 1990 obtingué una clara victòria, que repetí en la primera volta de les eleccions generals del juny del 1991. Després de cancel·lar la segona volta de les eleccions, el govern algerià il·legalitzà el FIS (març del 1992) i empresonà Madani i Belhadj. L’organització inicià aleshores una campanya contra el govern que conduí a una guerra civil no declarada. El 1994, el FIS consensuà amb altres forces d’oposició una plataforma de negociació que el govern algerià rebutjà. Exclòs el FIS de les eleccions organitzades el 1995 i el 1997, aquest darrer any, però, Madani fou deixat en llibertat i el braç armat del FIS, l’Exèrcit Islàmic de Salvació (AIS), decretà una treva. Tanmateix, altres grups fora del control del FIS, com ara el Grup Islàmic Armat continuaren els atemptats i el govern mantingué la negativa a negociar. La victòria d’Abdelaziz Bouteflika en les eleccions presidencials de l’abril del 1999 significà un nou punt d’inflexió: dos mesos després de les eleccions, l’Exèrcit Islàmic de Salvació proclamà un alto el foc unilateral que fou seguit de l’alliberament de 2 300 presos islamistes i el 2000 es dissogué. D’altra banda, la Llei per a l’Harmonia Nacional (aprovada en referèndum al novembre de 1999), amnistiava els membres i partidaris de l’AIS i obria possibilitats per al reconeixement del FIS, que tanmateix reberen un fort contratemps amb l’assassinat d’Abdelkader Hachani, un dels líders moderats. L’AIS es dissolgué l’any següent. Al juliol del 2003, dos dels líders històrics del FIS, Abbassi Madani i Ali Behadj, foren alliberats després de complir dotze anys de condemna per atemptar contra la seguretat de l’estat, tot i que se'ls prohibí l’activitat política. Al juliol del 2003, Madani i Behadj, foren alliberats després de complir dotze anys de condemna tot i que se'ls prohibí l’activitat política.