El 1990 s’inaugurà la seu a l’edifici modernista de l’antiga editorial Montaner i Simon de Barcelona, projectat per Lluís Domènech i Montaner, degudament condicionat. Corona l’edifici la instal·lació Núvol i cadira, que li reforça el caràcter singular. A més d’una mostra permanent de la seva obra, les activitats se centren en l’organització d’exposicions, conferències, seminaris, concerts, etc. Després d’una època que es dedicà gairebé exclusivament a mostrar diferents períodes de l’obra d’Antoni Tàpies i les relacions que aquesta establia amb altres artistes, s’inicià un període d’exposicions, generalment retrospectives, dedicades a artistes que eren poc coneguts a Catalunya, que sovint havien estat fora del circuit comercial de l’art i que eren molt crítics amb la forma institucionalitzada d’entendre la creació artística (Louise Bourgeois, 1991; Kristoff Wodiczko, 1992; Jana Sterbak, Hans Haacke, 1995; Paul Thek, 1996; Ana Mendieta, 1997; Marcel Broodthaers, 1997; Dan Graham, 1998; Hans-Peter Feldman, 2002; Mangelos, 2004, Bahman Jalali, 2007) . També s’han fet exposicions temàtiques, com “En l’esperit de Fluxus” (1994), “Els límits del museu” (1995), “Cultures d’arxiu” (2000), “Arquitectures del discurs” (2001), “Sutures i fragments. Cossos i territoris en la ciència-ficció” (2004), “La imatge fantasma” (2006) i “Amb i contra el cinema. Entorn del Maig del 68” (2008).
Té una biblioteca especialitzada en art del segle XX i de cultures no-occidentals i un museu les col·leccions del qual contenen una important representació de l’obra d’Antoni Tàpies. De mitjan 2008 al març del 2010 es procedí a una remodelació en profunditat de l’edifici a càrrec de l’estudi d’arquitectes Ábalos-Sentkiewicz, que potencià la llum natural amb l’obertura de lluernes, la construcció d’un pavelló de nova planta sobre l’antic auditori, l’ampliació del vestíbul i un nou terrat a la part posterior de l’edifici on s’exposa de manera permanent el Mitjó, una de les escultures més conegudes de l’artista.