Catedràtic de geografia i història a l’ensenyament mitjà (1983-2005), és professor d’història moderna a la Universitat de Barcelona des del 1994. Ha publicat articles d’història i pedagogia. S’inicià com a escriptor amb obres per a públic infantil i juvenil: El secret del doctor Gibert (1981), Set gates de vida (premi Lola Anglada 1986), Una troca embolicada (1988), Els ulls de l’aiguamoll (1993) i Momotaro & Dolly Doç (1997). Entre dos focs (1991), sobre la invasió francesa de Catalunya al segle XVII, i Procés a Anna Boixadós (1994, reeditat el 2022 amb el títol Judici a una bruixa catalana. La història de l’Anna Boixadors i la persecució de les dones al segle XVII), sobre la cacera de bruixes, reflecteixen el seu vessant d’historiador, com també la seva primera novel·la per a adults, Retrat de Carme en penombra, sobre la presa de consciència en la lluita antifranquista, amb què obtingué el premi Sant Jordi de l’any 1988. Posteriorment ha publicat les narracions Arxiu de ficcions (1991).
Com a historiador, cal destacar l’edició crítica de les Cròniques d’Espanya (1997), de l’historiador P.M. Carbonell, Identitat i territori. Escrits geogràfics del Renaixement (1999), la biografia Miquel Batllori (2000), L’exili austriacista (1713-1747) (2002), i Pirates, bandolers i bruixes a la Catalunya dels segles XVI i XVII (2004). Ha participat també en diverses obres col·lectives, com ara Catalunya durant la guerra de Successió (2006) i Per Bruixa i Metzinera (2007). El 2008 fou nomenat director del Museu d’Història de Catalunya, en substitució de Jaume Sobrequés, càrrec que ocupà fins el setembre del 2014. El 17 d’octubre de 2017 fou elegit vicepresident de l’Assemblea Nacional Catalana i assumí el lideratge de l’entitat quan el seu president Jordi Sànchez fou empresonat el mateix dia, tasca que dugué a terme fins el març del 2018, que Elisenda Paluzie fou elegida nova presidenta. El 2017 rebé el premi Memorial Francesc Candel.