Fou fundada com una de les ciutats científiques de l’URSS l’any 1956, quan hom hi creà un important Institut de Recerca Nuclear. S'hi fabricà la primera bomba atòmica soviètica. Formava part del conjunt de deu ciutats de l’antiga URSS on hom duia a terme recerques secretes, proves nuclears i enriquiment de plutoni. L’element de nombre atòmic 105 rebé el nom de dubni en honor a la ciutat. El 1994 fou fundada la Universitat de Dubna.