Fill d’una família jueva sefardita originària de Tessalònica, durant la Segona Guerra Mundial participà en la Resistència francesa (1942-44), etapa en què adoptà el cognom Morin. Militant comunista després de la guerra, se n’allunyà arran de la seva crítica de l’estalinisme. El 1950 ingressà al Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), institució en la qual desenvolupà bona part de la seva trajectòria investigadora i de la qual fou director de recerca (1970-93).
Director de les revistes Arguments (1957-62) i Communications, des del 1972, el seu treball es centrà en la formació de les opinions, les mentalitats en el món contemporani, la cultura de masses, la política, l’educació i la condició humana. Fou un dels principals formuladors del pensament complex, que rebutja la fragmentació del saber i defensa una comprensió relacional i interdisciplinària. La seva obra principal és La Méthode, publicada en sis volums entre el 1977 i el 2004, en la qual desenvolupà la seva teoria general de la complexitat aplicada a la natura, la vida, el coneixement, les idees, la humanitat i l’ètica.
Publicà també, entre altres assaigs, L’An zéro de l’Allemagne (1946), L’Homme et la mort (1951), Les Stars (1957), L’Esprit du temps (1962), La Rumeur d’Orléans (1969), Le Paradigme perdu: la nature humaine (1973), De la nature de l’URSS (1983), Penser l’Europe (1987), Mes démons (1994), La Voie (2011), Enseigner à vivre (2014), Leçons d’un siècle de vie (2021) i Y a-t-il des leçons de l’Histoire? (2025).
Condecorat amb la Legió d’Honor, el 1994 li fou atorgat el Premi Internacional Catalunya, el 2010 fou investit doctor honoris causa per la Universitat de Barcelona.