Ha obert col·leccions en un ventall ampli de gèneres literaris com ara la narrativa (“Tros de Paper”, “Narrativa/Empúries”), la poesia (“Migjorn”, “El Ventall”), l’assaig (“Biblioteca Universal Empúries”), l’estudi universitari (“Les Naus d’Empúries”) i la literatura juvenil (“L’odissea”, “El laberint de paper”), entre d’altres. El 1994 inicià un procés de fusió amb Edicions 62. Des del 1997 coedita amb l’editorial Anagrama la versió catalana de diversos llibres. En els darrers anys, fins al 2004, Editorial Empúries tingué com a editor Bernat Puigtobella i es consolidà, dins del Grup 62, pels èxits obtinguts amb l’edició de l’obra de J.K.Rowling, les novel·les protagonitzades per Harry Potter, i els llibres d’èxit mundial de Dan Brown, continuació, en certa manera, de la tasca anterior de l’editorial amb descobertes com Daniel Pennac, Susanna Tamaro o Jostein Gaarder. Ha continuat la seva relació de coedició amb Anagrama, així com les seves col·leccions més emblemàtiques.