És regit pel Patronat Municipal Call de Girona, format el 1992 per l’ajuntament de Girona, la diputació de Girona i la Generalitat de Catalunya i per altres institucions, entre les quals destaquen Friends of Girona Museum & Institute, amb seu a Nova York, i la Xarxa de Jueries d’Espanya. El centre comprèn dues seccions: d’una banda l’Institut d’Estudis Nahmànides (inaugurat el 1997), dedicat a l’obtenció i intercanvi d’informació i documentació sobre l’estudi de la cultura jueva. També organitza cursos i conferències i atorga beques d’estudi. Disposa de la biblioteca especialitzada Eliazar Eljanan Schalit. D’altra banda, al Museu d’Història dels Jueus de Girona, inaugurat el 2000 a l’edifici anomenat d’Isaac el Cec, una exposició permanent documenta la presència històrica d’aquesta cultura a la ciutat i a Catalunya entre els segles IX-XV. Amb una important col·lecció arqueològica i epigràfica, en destaca la recreació del cementiri del Bou d’Or a partir de les làpides descobertes el 1866, procedents de diversos museus catalans.