És regit pel Patronat Municipal Call de Girona, format el 1992 per l’Ajuntament de Girona, la Diputació de Girona i la Generalitat de Catalunya i per altres institucions, entre les quals destaquen Friends of Girona Museum & Institute, amb seu a Nova York, i la Xarxa de Jueries d’Espanya.
El centre comprèn dues seccions: l’Institut d’Estudis Nahmànides (inaugurat el 1997), dedicat a l’obtenció i intercanvi d’informació i documentació sobre l’estudi de la cultura jueva —disposa de la biblioteca especialitzada Eliazar Eljanan Schalit—, i que organitza cursos i conferències i atorga beques d’estudi; i el Museu d’Història dels Jueus de Girona (inaugurat el 2000), situat a l’edifici anomenat d’Isaac el Cec, una exposició permanent —inclou una important col·lecció arqueològica i epigràfica, en destaca la recreació del cementiri del Bou d’Or a partir de les làpides descobertes el 1866, procedents de diversos museus catalans— que documenta la presència històrica d’aquesta cultura a la ciutat i a Catalunya entre els segles IX-XV.