Creada el 1969 segons els ideals revolucionaris d’Emiliano Zapata i sota la reivindicació tierra, pan y libertad, saltà a l’escena internacional per la revolta iniciada l’1 de gener de 1994 per demanar més drets per als indígenes, més democràcia, llibertat i justícia. La situació bèl·lica es mantingué fins el 16 de febrer de 1996, data en què representants de l’EZLN signaren els acords de San Andrés amb el govern de Mèxic sobre els drets dels indígenes. Es creà la Comissió de Concòrdia i Pacificació (Cocapa), encarregada de reflectir aquests acords en un projecte de llei, però el text no fou defensat pel president Zedillo i les negociacions es trencaren. La situació d’estancament en el procés de pau començà a canviar després de l’elecció el juliol del 2000 del nou president mexicà, Vicente Fox, el qual prometé aportar solucions de diàleg al conflicte. El 2 de desembre el Subcomandante Marcos, portaveu i líder de l’EZLN, acceptà la reactivació del diàleg de pau proposat pel nou president i hi posà dues condicions: l’alliberament dels presos zapatistes i el compliment dels acords de San Andrés. El juliol del 2001 fou aprovada una llei sobre drets i cultura indígenes que fou rebutjada per l’EZLN pel seu descord amb les esmenes introduïdes pel Congrés mexicà. Malgrat que el 2006 dugué a terme una marxa a la capital de ressò mediàtic, l’organització ha caigut gradualment en la marginalitat, amb alguns nuclis confinats a Chiapas.